Nace en 2009 como la acción social que la Hermandad y Cofradía de nazarenos del Stmo. Cristo y María Stma. de la Merced en sus Misterios Dolorosos, la Santa Cruz y San Juan Evangelista ofreció al Arzobispo de Mérida-Badajoz D. Santiago García Aracil (qepd) por la construcción y bendición de la casa de hermandad de esta corporación el 3 de septiembre de 2006.

Esta acción social tiene su origen en ofrecer a los jóvenes del barrio de San Roque, lugar de convivencia de
personas de distintas culturas y etnias), y de Almendralejo en general, una alternativa cultural y educativa
con la música como principal pretexto, formando a personas bajo los cánones de los valores cristianos
alejándolos de caer en tentaciones que acechan a nuestra juventud en las calles de cualquier localidad.

De esta forma nace la beca de estudios en el conservatorio oficial de Música de Almendralejo, costeada por la propia Agrupación Musical, al componente que destacara en su formación académica y sintiera interés en crecer musicalmente. Su primer director fue D. Isidro José García García experimentado músico almendralejense con dilatada experiencia en diferentes formaciones musicales de Semana Santa como la desaparecida Banda de Cornetas y Tambores de la Hermandad de los Estudiantes, la Banda de Música del Ejército del Aire, la Banda Municipal de Música de Almendralejo y la Agrupación Musical de Protección Civil de la localidad de Almendralejo, en la actualidad, forma parte de la cuerda de percusión de la Agrupación.

Pertenecemos al Grupo Joven de nuestra hermandad, acompañamos a nuestro Cristo de la Merced cada tarde-noche de Jueves Santo desde su Fundación en el 2009, también hemos acompañado a nuestro titular en la procesión magna del Santo Entierro del año 2010 y 2015.

Participamos activamente en todos los actos organizados por nuestra hermandad, como el pregón joven mercedario, la caravana solidaria de recogida de alimentos en Navidad, procesión de la Cruz de Mayo, procesión del 25 aniversario de la fundación de la hermandad, cabalgata de SS.MM Los Reyes Magos de Oriente y en Las Candelas, fiesta declarada de interés turístico regional.

En la actualidad esta agrupación está formada por unos 40 componentes de entre 12 a 70 años y destacamos siempre ser una agrupación con las voces de sus instrumentos muy definidas por cuerdas teniendo en cuenta el número de componentes que tenemos. Contamos con escuela de música donde impartimos formación de solfeo e instrumentación a jóvenes de toda la ciudad en nuestras magníficas instalaciones de la casa de hermandad.

Desde el año 2020, la nueva dirección ha venido realizando varios cambios en la Agrupación con tal de buscar un atractivo en la gente joven de la localidad de Almendralejo como ha sido, el emblema de la Agrupación, el guion estrenado en el pasado septiembre del 2021, o la Uniformidad, estrenada recientemente, hace apenas un mes. Que desfilando por primera vez en la semana santa 2022, tambien como novedad esta Agrupación Musical Santísimo Cristo de la Merced, acompañara musicalmente a Hermandades de las provincias de Sevilla y Ciudad Real.